Diplomski - ljetni semestar

PREDAVANJA: Glavne taksonomske grupe mikroorganizama humanog mikrobioma. Uspostavljanje crijevne mikrobiote i promjene u njenom sastavu tijekom života. Genetički i epigenetički mehanizmi djelovanja na fiziologiju domaćina i crijevnu mikrobiotu. Suvremeni in vitro i in vivo sustavi za istraživanje sastava i metabolizamske aktivnosti crijevne mikrobiote i njene uloge u organizmu. Udio bakterija mliječne kiseline (Lactobacillus i Bifidobacterium) u autohtonoj crijevnoj mikrobioti i njihov utjecaj na zdravlje. Izvori hranjivih supstrata za mikrobnu populaciju debelog crijeva. Primjena transkriptomičkog, proteomičkog i metabolomičkog pristupa u određivanju metabolizamske aktivnosti crijevne mikrobiote u intestinalnom traktu. Glavni proizvodi bakterijskog metabolizma u intestinalnom traktu i uloga kratkolančanih masnih kiselina (SCFA). Molekularni mehanizmi adaptacije autohtonih, alohtonih i oportunističkih bakterija na stresne uvjete u gastrointestinalnom traktu. Utjecaj prehrane na sastav i metabolizamsku aktivnost mikrobiote debelog crijeva. Utjecaj prebiotičkih supstrata i probiotika kao dodataka prehrani i „živih bioterapijskih pripravaka“ nove generacije, na crijevnu mikrobiotu. Proizvodnja i primjena fruktana inulinskog tipa, galaktooligosaharida, ksilooligosaharida i glukooligosaharida. Bifidogeni i butirogeni učinak. Uzroci narušene ravnoteže crijevne mikrobiote. Povezanost sastava crijevne mikrobiote s pojavom metabolizamskih poremećaja i bolesti. Nutritivna i mikrobna modulacija karcinogeneze u intestinalnom traktu. Modeli adhezije mikrobnih stanica na crijevne epitelne stanice i kompetitivna ekskluzija patogenih bakterija u intestinalnom traktu. Koncept farmako-metabonomike. Suvremene terapijske strategije ponovnog uspostavljanja narušene ravnoteže crijevne mikrobiote.

SEMINARI: Fenotipska i genotipska identifikacija i karakterizacija crijevne mikrobiote primjenom molekularnih metoda neovisnih o uzgoju, DNA sekvencioniranja i bioinformatičkih alata. Eksperimentalni intestinalni modeli u istraživanjima metabolizamske aktivnosti crijevne mikrobiote. Utjecaj prehrambenih navika na sastav i metabolizamsku aktivnost crijevne mikrobiote. Povezanost sastava crijevne mikrobiote i metabolizamskih poremećaja i bolesti. Razvoj farmaceutika i dodataka prehrani namijenjenih ponovnom uspostavljanju ravnoteže crijevne mikrobiote. 

VJEŽBE: Određivanje sastava mikobne populacije metagenomičkom analizom. Ispitivanje preživljavanja bakterija mliječne kiseline, poželjnih sudionika crijevne mikrobiote, u simuliranim uvjetima gastrointestinalnog trakta. Određivanje autoagregacijskih i koagregacijskih svojstava odabranih bakterijskih vrsta sudionika crijevne mikrobiote. In vitro pokusi antimikrobnog djelovanja bakterija mliječne kiseline, poželjnih sudionika crijevne mikrobiote, na odabrane nepoželjne bakterijske vrste u intestinalnom traktu, rodova Bacillus, Staphylococcus, Salmonella i Escherichia.